Нужно, чтобы вторая группировка была с итогом по МАКСИМУМ, а первая - Сумма этих максимумов.
Сделал так. В ресурсах указал:

Поле  /  Выражение   / Расчитывать по...
Ассортимент  Максимум(Ассортимент)  Номенклатура
Ассортимент  Сумма(ВычислитьВыражениеСГруппировкойМассив("Максимум(Ассортимент)","Номенклатура"))  Номенклатура Иерархия

Выводит как надо. Но если указать  тип отчета "Кросс-таблица", то он в облих группировках суммирует данные.
Как исправить?

Похоже на изначально неправильную постановку задачи

попробуй через

выбор когда Уровень() = 1 тогда ВЫР2 иначе ВЫР1 конец