Есть УТ 10.3. В настройках учетной политики (Сервис->Настройка учета -> Учетная политика) на закладке "Общие" есть отметка "Списывать партии при проведении документов".

Если эта отметка не установлена, то когда (при какой операции, какой обработкой и т.п.) списываются партии?

Если не ошибаюсь, обработкой проведения по партиям. Можно выполнять когда заблагорассудится (можно настроить регламент, например, вечером, когда нет пользователей).
Флаг (не)оперативного списания используется для убыстрения оперативной работы (в том числе).