ВЫБРАТЬ
    ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка
ИЗ
    Документ.ПриходныйКассовыйОрдер.Изменения КАК ПриходныйКассовыйОрдерИзменения
ГДЕ
    ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Узел = &Узел

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    ВЫБОР
        КОГДА ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.ДатаПробитияЧека <> ДАТАВРЕМЯ(1, 1, 1)
            ТОГДА ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.ДатаПробитияЧека
        ИНАЧЕ ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.Дата
    КОНЕЦ,
    ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.Дата

на выходе

Приходный кассовый ордер 0О00-000638 от 01.07.2015 12:33:13
Приходный кассовый ордер 0О00-000639 от 01.07.2015 14:24:46
Приходный кассовый ордер 0О00-000641 от 02.07.2015 11:15:17
Приходный кассовый ордер 0О00-000642 от 02.07.2015 11:15:31
Приходный кассовый ордер 0О00-000643 от 02.07.2015 11:15:45
Приходный кассовый ордер 0О00-000644 от 02.07.2015 11:16:07
Приходный кассовый ордер 0О00-000648 от 02.07.2015 12:32:46
Приходный кассовый ордер 0О00-000633 от 01.07.2015 10:45:40
Приходный кассовый ордер 0О00-000634 от 01.07.2015 10:46:06
Приходный кассовый ордер 0О00-000635 от 01.07.2015 10:46:23

реквизит ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.ДатаПробитияЧека это дата без времени
во всех документах заполнен

что не так?

Выведи поле ДатаПробитияЧека в результат запроса и посмотри

Всё у Вас выводится правильно. Вы сами в запросе поставили условие упорядочивания.

Почему то выбор не срабатывает, проверка на пустую дату

Ссылка    СсылкаДатаПробитияЧека    СсылкаДата
Приходный кассовый ордер 0000-000638 от 01.07.2015 12:33:13    01.07.2015 0:00:00    01.07.2015 12:33:13
Приходный кассовый ордер 0000-000639 от 01.07.2015 14:24:46    01.07.2015 0:00:00    01.07.2015 14:24:46
Приходный кассовый ордер 0000-000641 от 02.07.2015 11:15:17    01.07.2015 0:00:00    02.07.2015 11:15:17
Приходный кассовый ордер 0000-000642 от 02.07.2015 11:15:31    01.07.2015 0:00:00    02.07.2015 11:15:31
Приходный кассовый ордер 0000-000643 от 02.07.2015 11:15:45    01.07.2015 0:00:00    02.07.2015 11:15:45
Приходный кассовый ордер 0000-000644 от 02.07.2015 11:16:07    01.07.2015 0:00:00    02.07.2015 11:16:07
Приходный кассовый ордер 0000-000648 от 02.07.2015 12:32:46    01.07.2015 0:00:00    02.07.2015 12:32:46
Приходный кассовый ордер 0000-000633 от 01.07.2015 10:45:40    01.01.0001 0:00:00    01.07.2015 10:45:40
Приходный кассовый ордер 0000-000634 от 01.07.2015 10:46:06    01.01.0001 0:00:00    01.07.2015 10:46:06
Приходный кассовый ордер 0000-000635 от 01.07.2015 10:46:23    01.01.0001 0:00:00    01.07.2015 10:46:23

(4) все там правильно, не тупи

",
    ПриходныйКассовыйОрдерИзменения.Ссылка.Дата"

вот это удали из полей сортировки и срастется всё

(4) срабатывает

сортирует по 01.07 00:00, потом идет 01.07 10:45

затупил, спасибо