В типовых конфигурациях есть форма структура подчиненности.
Когда я указываю в конфигураторе объекты на основании которых я ввожу новый объект. Это где то сохраняется или нет?
ОбработкаЗаполнения(ДанныеЗаполнения, СтандартнаяОбработка)
ДанныеЗаполнения - можно ли мне как то вытащить эти вот данные и наоборот у документа узнать все его подчиненный документы?

Надо использовать Критерий отбора, и к нему запрос делать...
Называется он либо "Связанные документы", либо "СтруктураПодчиненности"

а где это можно посмотреть? в хелпе?

Вот такой запрос:

ВЫБРАТЬ
    СвязанныеДокументы.Ссылка
ИЗ
    КритерийОтбора.СвязанныеДокументы(&Значение) КАК СвязанныеДокументы

вернет тебе все документы, введенные на основании документа, переданного как &Значение

И разумеется при добавлении новых объектов - надо включать их реквизит, в котором хранится основание в критерий отбора.

А основание обычно хранится в реквизите Основание (или документ основание, как назовешь в общем) и заполняется как раз таки из данных заполнения

(2) посмотреть можно в форме просмотра структуры подчиненности. она в общих лежит.

У меня самописная база и никаких критериев отбора там и в помине нет

(5) какая загадочная у тебя 1С.... устнови уже платформу 8.х

"В типовых конфигурациях есть..."(0)
"У меня самописная база..."(5)

Вы уж как-нибудь постарайтесь собраться, сконцентрироваться и самоопределиться с ответом на вопрос:

Ваш вопрос по типовой или по самописной конфигурации?

(0) "можно ли мне как то..." - можно. Метаданные() -"ВводитсяНаОсновании".