Как настроить загрузку, чтобы правильно обрабатывались не текстовые данные. Например, при загрузке партнеров есть поле "клиент", значение "да" (булево). Как настроить эту обработку, чтобы это поле правильно обрабатывалось?

Есть универсальная загрузка из табличного документа. В ней можно на каждую колонку навесить выражение. В данном случае что то подобное:

Если НРег(ЗначениеКолонки) = "да" Тогда
Результат = Истина;
Иначе
Результат = Ложь;
КонецЕсли;

(1)
спс
может еще с датами подскажете, что делать?

А что с датами не так? Если в колонке тип дата, то она штатно встанет, если там строка "25 июня 2014 года", то придется написать код парсинга этой строки.