Если у меня в модуле внешней обработки большое количество методов работают с одной ТЗ и многие меняют в ней данные, то как лучше, объявить эту ТЗ глобальной переменной или инициализировать ее в главной процедуре и передавать остальным в качестве параметра?

Что так все ополчились против глобальных переменных?
Это же просто область видимости.
Лежит себе переменная, никого не трогает и ее отовсюду видно:-)

По теме: если это не модуль УФ, то я не вижу ничего плохого в переменной модуля.