По каким полям синхронизируется справочник "Организации"?
При загрузке из ЗУП в БП создаётся новая организация, при том что в БП уже есть организация с таким же наименованием, кодом, ИНН, КПП как и в ЗУП.
Или можно посмотреть XML файлик, проверить что там в реквизитах.
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший