Предположим какую-нить сущность, например, справочник "Контрагенты".
И какую-нить связанную с ним сущность, например, список категорий бизнеса, к которым относится контрагент или произвольный список дополнительных реквизитов.
Вопрос, как вы считаете, где лучше это хранить и почему?
С табличной частью в коде обращаться приятнее, меньше лишних строчек. На производительность начихать, пока система не упрется в недостаточную оптимизацию (вам производительности не хватает? Может тогда лучше вообще отказаться от 1С?)
Так легче поддерживать целостность базы данных. Когда данные хранятся в регистре сведений, то нужны дополнительные заморочки при создании формы элемента, чтобы не удалить случайно что-нибудь.