Как работают Автоматические Блокировки?
Имеем код:

Процедура ОбработкаПроведения()
...
Запрос
Выбрать ...
из РесгистрНаколения.МойРегистр.Остатки (, НаборУсловий)
...
КонецПроцедуры

Какие данные блокируется из регистра МойРегистр?
весь регистр
или записи соотвествующие набору условий?

It depends on неестественный разум сервера...

он попытается заблокировать range индекса, если не найдет индекса, то всю таблицу