Мне нужно программно запустить обновление индекса, нашел строку ПолнотекстовыйПоиск.ОбновитьИндекс(Истина,Истина)
Где параметр 1 - разрешить слияние, аналог флага на стандартной форме и 2 - порционное.

По выполнении этой строки из обработки и заходе в стандартную форму не вижу актуальности даты обновления индекса. Вопрос: дата меняется только при использовании стандартной формы или обновление индекса делается как-то иначе?

Ответ такой: если убрать параметр 2 в положение Ложь т.е. не использовать порционность. Тогда дата актуальности подставится.

(1) ну и логика у вас). просто обновление индекса будет порциями по 10тыс. объектов и надо вызывать ОбновитьИндекс до тех пор пока индекс будет актуален.