Схема компоновки данных содержит запрос вида

ИЗ
    (ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 0
        ДАТАВРЕМЯ(1, 1, 1) КАК МесяцНачисления,
        ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Организации.ПустаяСсылка) КАК Организация,
        ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Сотрудники.ПустаяСсылка) КАК Сотрудник,
        ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Сотрудники.ПустаяСсылка) КАК ГоловнойСотрудник,
        ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Должности.ПустаяСсылка) КАК ДолжностьГоловногоСотрудникаНаКонецПериода,
и т.д.

при этом результат запроса не пустой :)
надо искать другой текст запроса ?

Явно в модуле отчета искать. Это просто заготовка структуры.

(1) начала это смотреть в ЗУП 3.0
теперь это идеология такая? первый раз столкнулась с этим

(2) Не знаю насчет 3.0, не смотрел еще, в 2.5 такое часто практиковалось.