Аренда автомобиля у физ.лица.
Не сотрудник.
Я хотел использовать документ "договор с физлицом" - но там доступен выбор вида расчета только с кодом дохода ндфл 2000/2010/пустой. А гл.бух говорит надо 4800: "это не договор подряда, т.к. с договора подряда платятся страховые взносы, а мы не платим" - заявил главбух.

Никак.
Взаиморасчеты с ним ведите в бухпрограмме. А для отчетности по НДФЛ используйте в ЗУПе документ "Корреткировка учета по НФДЛ и страховым взносам".