УТ 11, запускается удаление помеченных на удаление объектов. В итоге показывает у контрагента ссылку на документ ввод остатков с типом остатки по собственным товарам. Поставщик в документе другой. Прошелся в отладчике по другим (в товарах нет ссылок на контрагента) ТЧ документа - там пусто.

Как определить в каком реквизите сидит ссылка? Или может это поиск ссылок косячит?

в регистрах смотри

в регистрах смотрел. там движения только по товарам. по идее же должно строку регистра отдельно выдать. как, например, выдает регистры сведений.