Есть три организации:
Головная, Филиал1, Филиал2.

У филиалов установлена в качестве головной организации Головная

Есть физ лицо - Вася

Этот Вася работает по основному месту в Филиал1 и по совместительству в филиал2.

При расчете зарплаты по Филиал1 в документ попадает НДФЛ и по Филиал1 и по Филиал2
точно так же при расчете зарплаты по Филиал2


Как можно исправить ситуацию, чтобы в расчет зарплаты попадал НДФЛ только по выбранному в расчете филиалу?

ага

проблема в том что связки физлицо-филиал в 1с нет.

можно сделать 2 Васи..

1С говорит что совместители в филиалах не автоматизированы. Ещё могут быть проблемы со страховыми взносами и проблема в нескольких отчетах вылазят.

(3 Печаль