Переключаю в настройках параметров учета галочку на учет во внешней программе, записываю, закрываю.
Открываю, опять стоит в этой программе.

Что за ерунда?

я не знаю, сходил бы в отладчик

нашел:
http://m-site.spb.ru/?p=p_29

с этой галочкой списания на зарплатные счета не проводятся и касса. нелогично как-то... я думал, учет во внешней программе - это начисления и налоги

напишу, может кому пригодится

&НаСервере
Процедура ВестиУчетЗарплаты()
КлючУчета=Истина;
Константы.УчетЗарплатыИКадровВоВнешнейПрограмме.Установить(КлючУчета);
Константы.УчетЗарплатыИКадровСредствамиБухгалтерии.Установить(НЕ КлючУчета);
УчетЗарплаты.УстановитьНастройкиУчетаЗарплаты(КлючУчета);
КонецПроцедуры