Загружаю конфигу с нуля на базу
В старой конфиге и новой есть одноименный объект Физлица, АдресныйКлассификатор и проч. На поддержке с редактированием или без
После реструктуризации пишет объект удален справочник Физлица, новый объект справочник Физлица
Сравнение конфиг показывает, что справочник один и тот же
Мистика или туплю

внутренние ИД разные.

айдишники разные

попробуй объединением.