После обновления конфигурации через хранилище, конфигурация открывается 40 минут и при открытом окне конфигурации ВСЕ пункты связанные с меню Хранилище - неактивны! Как сделать чтобы пункт меню Подключиться к хранилищу стал активным?

Переподключиться.

пункт не активенн!

Убей базу, создай новую, подключись.

(2) А когда заходить в конфигуратор, выскакивает окно с подключением к хранилищу?

(4) нет
(3) пересоздавал. Такое чувство что этот сбой при обновлении где то внутри конфигурации остался и у новых баз таже проблема

Платформу случайно не учебную поставил?

нет . это все рабочая база

(0) А не УРБД'шка случаем?