Возникло несколько вопросов:
1. Как настроить размер страховых взносов для ИП на УСН (доходы) ? Чтобы считалось из 2 МРОТов а не одного.
2. Как отразить поступление на расчетный счет не являющееся доходом (пополнение счета со своего депозита)?

3. Есть ли возможность не начислять НДФЛ автоматически при заполнении начисления зарплаты?

1) есть РС Тарифы страховых взносов
2) поступление на р/с с видом прочее поступление будет доходом?
3) видимо, после заполнения очистить ТЧ с НДФЛ:)

(2) Ага, отображается как доход.

(2) 1. РС не редактируемый (формы на чтение открываются)
3. Ну это не очень автоматический путь

с пунктом три выяснил - очистить Код дохода в виде начисления.

А вот пункт 1 все еще актуален.