Как при сравнении - объединении конфигураций осуществляется перенос Командного интерфейса рабочего стола, нигде не могу найти такого флажка.

Ждешь телепатов?

Добавил в тонкий клиент одной конфигурации отчет, хочется объединением добавить его в интерфейс другой конфигурации, но выборочно, а где объединение интерфейсов тонкого клиента не могу найти.

После добавления отчетов попробуй запустить обновление справочника Идентификаторы объектов метаданных.