Проблема возникает тогда если есть рисунки и свойства у элемента.
Помечаю на удаление.
Проверяю нет ли ссылок в доках.
Остаются тока следующие ссылки (на скриншоте) :   http://yadi.sk/d/bPqCe3N1AFyda

Но они же должны тоже помечаться на удаление , и удаляться вместе с номенклатурой. Что тут не так?

ЗЫ: Свойства и рисунки записываю самописной обработкой, может в этом загвоздка...

"Но они же должны тоже помечаться на удаление , и удаляться вместе с номенклатурой. "

Чой-то? А.Быков

Сам же ответил: должны помечаться на удаление вместе с номенклатурой. Вот и ищи, почему не помечаются.

В обработке так:

        ЗаписьСвойств = РегистрыСведений.НазначенияСвойствОбъектов.СоздатьМенеджерЗаписи();
        ЗаписьСвойств.Объект = ЭлементыФормы.НазначениеСвойств.Значение;
        ЗаписьСвойств.Свойство = Свойство;
        ЗаписьСвойств.Прочитать();
        Если ЗаписьСвойств.Объект <> ЭлементыФормы.НазначениеСвойств.Значение И
            ЗаписьСвойств.Свойство <> Свойство Тогда
            ЗаписьСвойств.Объект = ЭлементыФормы.НазначениеСвойств.Значение;
            ЗаписьСвойств.Свойство = Свойство;
            ЗаписьСвойств.Записать(Истина);
        КонецЕсли;


что то пропустил наверное... ???

этот код вообще ничего не делает. Можешь его выкинуть.

(3) У тебя отбор потом сравнение, условие не будет выполнено.
В регистре нет пометкиудаления.
Очищай записи если не нужны.

(3)Если ничего не ломали, в этом регистре измерение Объект - ведущее, а значит удалению мешать никак не может.

Если есть рисунки(?) - то они в хранилище. Стандартная типовая обработка по удалению помеченных не чистит хранилище. Тупая она дура :)