При продаже ОС второй раздел акта формы ОС заполняться не должен, но программа его заполняет данными. как это отключить, или каков правильный порядок составления акта?

"заполняться не должен" и "каков правильный порядок составления акта?". Так Вы знаете или не знаете?
Если форма унифицированная, значит есть и правила ее заполнения. Что законодательство говорит?

(0)[как это отключить]
установить галочку не формировать 2-ой раздел

(1) Законодательство говорит что не должен. Этот раздел заполняется только получателем, когда тот регистрирует ОС уже у себя. А 1С его заполняет на обоих экземплярах

(2) где эта галочка? если можно пришлите скрин.

(4) эта галочка где то в вашей программе. Ребята тут конечно умные, но не телепаты, а конфигураций 1с чуть больше чем одна.

(5) логично.
Бухгалтерия предприятия КОРП, редакция 3.0 (3.0.23.9)