Конфа типовая.
Обхожу документы обработкой которая меняет СчетЗатрат. Потом перепровожу документы:

Если Объект.Модифицированность() Тогда
  Объект.Записать(РежимЗаписиДокумента.Проведение,        РежимПроведенияДокумента.Неоперативный);
КонецЕсли;

После чего захожу в эти документы, ВИЗУАЛЬНО(никуда не захожу,ничего не меняю, не меняю, ничего не открываю, кроме проводок) просматриваю какие движения сделал документ, проверяю ТЧ, все отлично поменялось. Нажимаю закрыть и тут выскакивает окошко: "Данные были изменены. Сохранить изменения?"

Почему оно появляется?

потому что данные таки были изменены

значит кто то программно изменяет данные при открытии документа

(1) Так после проведения документа в обработке, данные не меняются. И если я нажму сохранить, то следующий раз когда открываю этот документ, окошко больше не появляется.

(3) значит при открытии изменяются данные, которые ты не видишь или не замечаешь.

В типовых при открытии вызывается процедура что то типа УстановитьСубконто, которая в зависимости от счета приводит типы субконто. Попробуйте помимо счета установить значение всех субконто, хотя бы пустыми значениями.