Что можно использовать для переноса сотрудников между этими версиями?
Есть что-нибудь стандартное? С каких версий можно выгружать через конвертацию?

обычный обмен не катит что ли?

с любых в любую.

(1) обычный физ лиц перенесет только

(2) почему это? Сотрудников тоже переносит.

(1) вот что то обычного обмена в БП КОРП 2.0.43.6 не найду.
Можно создать только обмен с конфигурацией УТ 11.
С какой версии БП появился стандартный обмен?

В 2.0.45.6 тоже обмен с ЗУП'ом не вижу

(3) Не переносит вроде