Допустим взял у клиента конфигурацию(не типовую). Обновил её. Сохранил .cf.

Как мне её правильнее и грамотнее подгрузить в рабочую базу клиента?
1. Конфигурация -> Загрузить конфигурацию
2. Конфигурация -> Сравнить-объединить с конфигурацией из файла.

Если последовательно обновлять, не перескакивая несколько релизов то 1 вариант приемлим.
Через сравнить-объединить не обновится конфигурация поставщика.

однозначно.

Вариант 2 не рабочий.

(6) файл поставки - это для РИБ хорошо. А так