Недавно стояла такая же задача. Что сделали.
1. Загрузили чистую конфигурацию.
2. Обновили.
3. Вернули доработки.
4. Переносом дополнили данные из не обновленной конфигурации.
Если все будет грамотно, то будет успешно.
Здесь можно обсудить любую тему при этом оставаясь на форуме для 1Сников, который нужен для работы. Ymryn