Есть ДокументОбъект.
Как программно пробежаться по всем регистрам, в которые делает движения документ, и изменить значение поля регистра, если его тип например равен Справочник.Организации?

циклом

(1) а есть пример?

(2) Примерно так
   Для каждого Дв из ДокументОбъект.Движения Цикл
       МетаДв = Метаданные.НайтиПоТипу(ТипЗнч(Дв));
       Для каждого Изм из МетаДв.Измерения Цикл
           Если Изм.Тип.СодержитТип(Тип("СправочникСсылка.Организации")) Тогда
               // может содержить значение нужного типа
               Для каждого Движение из Дв Цикл
                   Если ТипЗнч(Движение[Имя.имя])  = Тип("СправочникСсылка.Организации") Цикл
                       // будем менять
                   КонецЕсли;
               КонецЦикла;
           КонецЦикла;
       КонецЦикла;
       // повторяем для ресурсов, реквизитов
       // ...
   КонецЦикла;

Уберешь ошибки, добавишь "Прочитать, Записать" и должно работать

(4) Спасибо! буду пробовать