FileSystemObject работает точно также - то есть завершением строки считается символ ПС, но, если перед ним нет ВК, то возвращается строка с ПС на конце - и можно понять, что за перенос был - подозреваю, что в вашем случае 1С ведёт себя точно также, так как использует похожий объект.
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.