Что-то не получается из открытого модального окна завершить работы системы таким образом:

ЗавершитьРаботуСистемы(Ложь,Ложь);

Хотелось быть отметить, что такое наблюдается в серверном варианте. В файловом система завершает работу как и хотелось.

платформа хочет сохранить настройки формы наверно

Так я вроде принудительно указал Ложь в настройках, чтобы выход не спрашивала программа.

наверное надо использовать ПрекратитьРаботуСистемы