Стоит задача слить две базы ЗУП в одну, после чего естественно надо сравнить выгруженную копию с оригиналом можно делать это визуально сравнивая расчетные ведомости РС и справочники, но это очень не надежно отсюда вопрос, есть ли какой-нить инструментарий для проверки корректности выгруженных данных путем сравнения с оригиналом?

Почему ненадежно? Сравни сначала общие итоги. При ошибках - немного разворачивай и снова сравнивай. Эксель в помощь )

(1) А чем и как сливается?

ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML82

Насколько я понимаю - речь идёт об учете двух организаций, которые вели в разных базах и теперь будут вести в единой базе?

Если рассуждать что у разных организаций - разные документы и они не должны измениться при слиянии... То, чисто формально, в принципе, можно проверить количество записей в таблицах документов и их табличных частях. В единой базе их количества должны равняться сумме количеств в базах слияния. Теоретически. На практике - не факт.

Нет, нет инструмента - самому писать.

(1) +1, и не епи себе мозги