Сотрудник взял отпуск с 14.05.2012 по 27.05.2012 и внезапно заболел. Отпуск был за период работы с 01.01.2011 по 31.12.2011. Провели ему больничный лист, начисления по отпуску он сторнировал.

Дальше этот же сотрудник берет отпуск за период с 10.09.2012 по 23.09.2012, те же 14 дней. Программа ставит период работы с 01.01.2012 по 31.12.2012, хотя по-идее у него еще остались не отгуленные дни за 2011 год и рассчитывать должен ту же сумму, что и предыдущий отпуск.

Какого документа не хватает?

У вас фактические отпуска списываются кадровыми или расчетными документами?

"и рассчитывать должен ту же сумму, что и предыдущий отпуск"
с чего бы это?

(1), остатки отпусков будут уменьшаться при регистрации фактических отпусков: расчетными документами.

Эта настройка?

В любом случае отпуск автоматом не продлевается. Это уже надо ручками делать

(3) да

+(4) хе, в вопрос не вчитался )

(2), период работы тот же должен быть - 2011 год. А вот период для расчета среднего заработка х.з. - должен браться последний год или как?