Есть шаблон ограничения ОрганизацияВШапке
Используется как #ОрганизацияВШапке("Организация")
т.е. у объекта (в данном случае справочник Склады) есть реквизит "Организация"
как бы мне применить этот шаблон к подчиненному справочнику
т.е. мне в параметрах нужно указать организацию владельца.
как?

Зависит от содержимого шаблона, а ответ скорее всего будет - НИКАК. Надо новый шаблон писать

ну я так и думал
там в шаблоне
ТекущаяТаблица.#Параметр(1) ССЫЛКА Справочник.Организации

т.е. нужно переделать
ТекущаяТаблица.Владелец.#Параметр(1) ССЫЛКА Справочник.Организации

или можно написать параметр
"Владелец.Организация"
?

да. можно писать #ОрганизацияВШапке("Владелец.Организация")
выходит там в тексте шаблона обычная макроподстановка

#ОрганизацияВШапке("Склад.Организация")

В смысле можно не только реквизиты документа но и реквизиты реквизита :)

Но реквизиты реквизита в РЛС лучше не юзать.
Это неявное соединение, в итоге РЛС может тормозить работу пользователя еще сильнее :(

В шаблоне строка
ТекущаяТаблица.#Параметр(1) ССЫЛКА Справочник.Организации

параметр пишу "Владелец.Организация"

т.е. в запрос подставится строка
ТекущаяТаблица.Владелец.Организация ССЫЛКА Справочник.Организации

т.к. это ограничение на справочник (причем справочник настроечный) то быстродействие не принципиально