Имею РИБ на 8.1 УТ 10.3 Типовой полный обмен через электронную почту.

В один прекрасный момент обмен застопорился и стала появляться ошибка: "Значение не является значением объектного типа (Склад)"
Отладчиком удалось выяснить, что ошибка идет из раздела загрузки "РегистрНакопленияНаборЗаписей.ПродажиСебестоимость" при обращении к регистратору записи регистра (Возврату товаров от покупателя). Поднял XML файл загрузки - оказалось, что он пытается сначала подгрузить записи регистра при не подгруженном самом регистраторе. То есть загрузка пытается из регистратора (возврата) вытащить реквизит, а сама ссылка на регистратор, говорит, что "Объект не найден".

Как такое может быть? Сначала должны вероятно подгрузиться документы, а потом движения или я не прав?

Ну попробуй распровести документы возврата за требуемую дату, а потом обменяться и потом провести... Ты ж уже определил, что за док и дату, с которой обмен перестал происходить...