Проблема решена. Возможно, это было связано с кэшами или метаданными о лицензии.
Сделал так. Берем lic-ключики из ProgramData (или где они у вас там), прячем в укромное местечко. Сносим нафиг сервер 1С, вместе со всеми srvinfo и тому подобными хвостами.
Устанавливаем Сервер 1С - кладем lic-ключи обратно. Пересоздаем базы в на сервере. Готово :)
Надеюсь, кому пригодится в свое время.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший