Есть такая задача - при расчете суммы за командировку(оплата по среднему) доплачивать сотруднику денег до суммы оклада, если за командировку ему начислено меньше. Как лучше реализовать?
Прямо в расчете по среднему?

Или генерить новый документ?

например, разовое начисление

Если без программирования, то можно вот так: http://videozup.ru/zup/payroll/doplata-bolnichnogo-do-oklada.html

с прораммированием)
ну, насколько я понимаю - надо вычислить, сколько человек должен за дни командировки получить денег(Сумма1), вычислить дельту между этой суммой и суммой командировочных, и доплатить её отдельным документом.
Корректно ли будет получать Сумма1 просто делением оклада (и всех причитающихся в месяц надбавок) на кол-во рабочих дней?