Ссылка на объект
  Фильтр.Вставить("Метаданные",Справочники.Контрагенты);
не работает для
  ВыгрузитьЖурналРегистрации(ТаблицаЖурнала, Фильтр);
Почему? Кто подскажет?

Ссылка на объект?

Справочники.Контрагенты - Это СправочникМенеджер.

Метаданные.Справочники.Контрагенты - Объект метаданных

Нужно отфильтровать по справочнику Контрагенты. Вот полный код:
   Фильтр = Новый Структура;
   Фильтр.Вставить("ДатаНачала",НачПериода);
   Фильтр.Вставить("ДатаОкончания",КонецДня(КонПериода));
   Фильтр.Вставить("Событие","_$Data$_.New");
   Фильтр.Вставить("Метаданные",Справочники.Контрагенты);
   ВыгрузитьЖурналРегистрации(ТаблицаЖурнала, Фильтр);    

Метаданные (Metadata) - объект описания метаданного или их массив

Ваш вариант вызывает ошибку

{Форма.ФормаОтчета.Форма(26)}: Ошибка при вызове метода контекста (ВыгрузитьЖурналРегистрации)
   ВыгрузитьЖурналРегистрации(ТаблицаЖурнала, Фильтр);

Фильтр.Вставить("Метаданные","Справочник.Контрагенты");

Ошибок не выдает, но не фильтрует. В результате пустой отчет, хотя данные быть должны.