Ставил в организации Базовую версию ЗУП, зарегил её как надо - через интернеты. Теперь эта шляпа каждый раз при запуске Предприятия или Конфигуратора предлагает отключить использование аппаратного ключа защиты (в целях ускорения загрузки). И так каждый раз при запуске, не зависимо от выбранного (Да или Нет) перед этим.
Вот думаю, в чём может быть загвоздка.
з.ы. надеюсь, написал в правильную рубрику.

С базовыми не имел дело, возможно в окне выбора конфигураций выбрать "Настройка" и убрать галочку "Использовать аппаратную лицензию (ключ защиты)".

Запустить 1 раз яррык 1С с помощью правой кнопки мыши - запуск от имени администратора, в настройках убрать галку  использование аппаратного ключа защиты