У меня есть помеченные на удаление самописные документы (НЕ объекты стандартной конфигурации)

Обработка "Удаление помеченных на удаление объектов" их просто не видит.
Не выводит в списке всех помеченных на удаление объектов. Почему?

П.С. Не то, чтобы не даёт удалить, потому что на них есть какие-либо ссылки, а просто не видит.

у тебя права нет...

(0) есть подобное - полные права
пиши свою обработку

Ага, спасибо.