Подскажите, нужно организовать табличную часть документа с помощью дерева. Как это лучше сделать на УФ или на Обычных формах.
И если можно, дайте пример или расскажите про подводные камни

Подводный камень - возможная рекурсия при организации данных. Просто повнимательнее надо делать контроль на этот счёт. А так - ничего особенного, делай, мы не возражаем.