Есть УТ 10 и БП 2. МЕжду ними обмен односторонний (из УТ в БП грузятся все доки по бухгалтерии ежедневно).
Далее бухгалтеры, правят часть документов (реализации поступления) как им надо. На след. день при обмене все их изменения слетают. Т.е. например была рализация товара с одним кол-вом, ее поменяли 1С заново создает ту реализацию как в УТ.
(2) Ну допили конфу. Или выгружай без пометки БУ. А когда бухгалтера проводят доки, хай ставят. Это и будет признаком "Док обработан бухгалтером, нех менять"