Собственно вопрос простой, но ответ не могу найти. Можно в запросе к РегистрНакопления.Остатки отключить автоматическую группировку?

тогда остатки перестанут быть остатками, и это будет запрос к реальной таблице

(0) смотря в каком разрезе выводишь данные, автоматом группировки делаются по самому низкому родителю. Например в регистре ТоварыНаСкладах - минимальный уровень группировки - характеристика, а вот в ПартииТоваровНаСклада - документ партии.

А вообще какая цель такого вопроса?