В конфигурации источнике (УПП) есть две валюты USD и USD собственная
в конфигурации приемнике (Бухгалтерия) должна быть одна валюта, USD, и во всех элементах источника должна поставиться именно она. Как это лучше сделать?

а в чем проблема?

Синхронизация по коду и все дела

(2) Так она и так по коду, но кода у валют разные, и в доках в УПП фигурирует USD собственная а в доках бухгалтерии должна заменится на USD

+(3) я так понимаю перед выгрузкой надо переопределить выгружаемый объект

(4) Зачем объект, в ПКО "Валюта" в ПКС "Код" перед выгрузкой привести к одному коду.

Если Источник.Код="123" тогда
 Значение="321"
Иначе
 Значение=Источник.Код;
КонецЕсли