Запрос = Новый Запрос;
   Запрос.Текст =
   "ВЫБРАТЬ
   |    ЗаказыПокупателейОстатки.ЗаказПокупателя КАК ЗаказПокупателя,
   |    ЗаказыПокупателейОстатки.Номенклатура КАК Номенклатура,
   |    СУММА(ЗаказыПокупателейОстатки.КоличествоОстаток) КАК КоличествоОстаток
   |ИЗ
   |    РегистрНакопления.ЗаказыПокупателей.Остатки(&ДатаОтбора, Организация = &Организация) КАК ЗаказыПокупателейОстатки
   |ГДЕ
   |    ЗаказыПокупателейОстатки.ЗаказПокупателя.Контрагент = &Контрагент
   |
   |СГРУППИРОВАТЬ ПО
   |    ЗаказыПокупателейОстатки.ЗаказПокупателя,
   |    ЗаказыПокупателейОстатки.Номенклатура";
   
   
   Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент", ТекущийДокумент.Контрагент);
   Запрос.УстановитьПараметр("ДатаОтбора", ТекущийДокумент.МоментВремени());
   Запрос.УстановитьПараметр("Организация", ТекущийДокумент.Организация);
   
   ТЗ = Запрос.Выполнить().Выгрузить();

По регистру были движени:
Приход 36 (документ1)
Расход 10 (Документ2)
расход 12 (документ3)

Если в качестве ДатаОтбора передовать дату и передавать документ3, запрос возвращает 36, если моментВремени тоже 36, если КонецДня(Дата) тоже 36, если Дата +1 то 14
Как получить остатки на МоментВремени документа?

Все документы текущей датой

Без Передачи даты тоже счетает как и заявлено (по конец движения)

Выгрузи без отбора и посмотри дату

из оборотов

Все документы оформлены на последнюю секунду дня?

В принципе, ты можешь получать остатки на конец секунды с помощью момента времени.
Попробуй сделать так:
Граница = Новый Граница(ТекущийДокумент.Дата, ВидГраницы.Включая);
Запрос.УстановитьПараметр("ДатаОтбора", Граница);

"В принципе, ты можешь получать остатки на конец секунды с помощью момента времени."
Хотел сказать:
"В принципе, ты можешь получать остатки на конец секунды с помощью "Граница"."