Можно ли настроить в УТ 10.3, чтоб в структуре подчинённости отображалось перемещение с одного склада на другое?

(0) Только если перемещаемый товар зарезервирован.

в структуре подчиненности чего?

(2) струкутра подчиненности документа

что то я не понял... перемещение на основании чего то вводится?

Откройте "Критерии отбора" "Связанные документы" "Состав" и док. "Перемещение товаров". Там вы увидите какие реквизиты документа надо заполнить, сто бы он появился в структуре подчиненности.