Необходимо синхронизировать справочник базы источника и приемника (одинаковые конфигурации). Количество элементов в справочнике ~300 000
В настройках правил конвертации объекта для справочника стоят галочки:
- Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника
- Не замещать существующие объекты в приемнике при загрузке, а только создавать новые и заполнять их

Судя по строке состояния обрабатывается где-то 30 000 элементов справочника в час.

Как можно ускорить процесс синхронизации??
Может есть какие настройки чтобы получать сразу только отсутствующие элементы?

никак. XML он такой. тормоз. пиши прямую перегрузку через COM-Объект

Не выгружай объекты свойств источника по ссылкам

Прямым запросом их ;)

Создать план обмена и выгружать только новые.

(0) не факт что потом хватит памяти чтобы загрузить то что выгрузили.

интересный материал по теме: http://infostart.ru/public/95672/