При ТиИ базы на этапе проверки логической целостности удаляются записи из всех таблиц бизнес процессов (без каких либо объяснений). Перенесла бизнес процессы из архива, запустила ТиИ, опять удалил все БП( Люди, помогите, как с этим бороться???

Не запускать ТиИ

(1) а другие варианты есть?

(2) а нафига ты вообще запускаешь ТиИ?

(3) вообще у меня привычка такая есть... запускать ТиИ пару раз в год для профилактики

(4) Работает не трож!

ага,  а потом 1С где-нить в описании следующего релиза напишет что исправила эту ошибку :)
так что не спеши

(4) плохая привычка