В документе Поступления есть настройка Цены и валюта, там есть галка "НДС включать в стоимость", где настроить, чтобы галка ставилась автоматом?

нигде
для документа продажи берётся из типа цены
для поступление идёт как ИСТИНА

ай блин. сорри. я думал, ты про сумма включает НДС

(0) в типе цен поставщика есть галка

(3) он не про это, он про УСНО

Вроде в учетной политике организации - если не является плательщиком НДС, то включать.

если в уч. политике стоит не является плательщиком, то движухи по НДС не формируются
и усё

Если галка стоит, то Док делает движение по регистру "НДС включенный в стоимость". Если отключить ндс в уч. политике, то движения вообще делаться не будут.

в общем, никак
создай в ПВХ элемент "НДСВключенВСтоимость" и примолоти к процедуре "ЗаполнитьШапкуДокумента"