Сотрудница находится в отпуске по уходу за ребенком до 1,5 лет и работает пол-дня, в табеле ей ставиться ОЖ и не указываются часы работы.

Подскажите, пожалуйста , так и должно быть?

(0) Нет.. так не должно быть.. сотрудница должна быть или в отпуске или работать - совмещать на одном же СотрудникОрганизации нельзя.. Если это крайне нужно сделать, то оформляете её как совместителя (новым СотрудникОрганизации) и тогда будет всё ОК (налоги платятся с ФизЛиц)