У меня на моей поддержке конфа, так не первый раз уже сыпется такая вещь:
Есть модуль с подписками, при очередном обновлении у него слетает соответствие - пишется, что есть в конфе отсутствует у разработчика и с тем же именем есть у разработчика, отсутствует в конфе.
Как правильно лечить такую пакость? В идеале хочется объяснить боевой базе, что это один и тот же модуль.
Или надо грохать модуль в боевой базе, ставить тот, что из поддержки и менять все подписки?

когда сравниваешь и объединяешь есть кнопка "Настройка", имха там нужная пимка находится

(1) При объединении. При обновлении нету :(

Итоговый рецепт: снять с поддержки, поставить на поддержку той версии, что стояло, обновить.

если это модуль(модуль а не данные!!!) то забей удали имеющийся у тебя в рабочей конфе модуль и позволть добавит модуль из конфы поставщика.

если в данныф модуль у тебя что-то свое добавлено по последующим сравнением-объединением со старой конфой перетащи в него свои изменения.