Запрос =Новый Запрос (    
      "ВЫБРАТЬ
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Дата,
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Сумма,
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Ссылка.Организация,
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Ссылка.Контрагент,
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Ссылка.ДоговорКонтрагента,
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Ссылка.Ссылка
     |ИЗ
     |    Документ.ЗаказПокупателя.УсловияОплаты КАК ЗаказПокупателяУсловияОплаты
     |ГДЕ
     |    ЗаказПокупателяУсловияОплаты.Ссылка В(&Ссылка)");
   Структ = Новый Структура("Ссылка");
   Для Каждого ел из РасшифровкаПлатежа Цикл
       Структ.Вставить("Ссылка",ел.Сделка);
   КонецЦикла;
   
   Запрос.УстановитьПараметр("Ссылка",Структ );
   Результат =  Запрос.Выполнить().Выгрузить();


Тут дело в структуре  не пому придумать (( как передать структуру в запрос .

(0) передавай массив или список значений

Структ = РасшифровкаПлатежа.ВыгрузитьКолонку("Сделка");

+ к (1): или вложенный запрос к таблице РасшифровкаПлатежа