Во всех документ стоит "Объект не найден"
Как нибуд можно восстановить из предопределенных счетов?

Может у пользователя нет прав на просмотр плана счетов?

(1) Больше похоже на RLS по счетам

Возможно но в БП2 - маловероятно. Конфигурацию изменяли?

(0) Если восстанавливать, то из бэкапа, а не предопределённых.

(3) Поднял совместимость с 8.2.13 на 8.3.5 - появились

(2) РЛС отключен

Если известно, что проявилось после изменения совместимости, то я бы
1. Зашел в конфигуратор и посмотрел бы видны ли счета
2.попробовал бы  на копии базы опять опустить совместимость и посмотреть
3. проверил бы права пользователей на предмет доступа к планам счетов.

(7) у юзера полные права

В Типовой совместимость с 8.2.16. Автор то вперед забегает, то назад отбегает

(9) Восстановление предопределенных элементов работает начиная в 8.3.4

(10) БП 2.0 последней нужна платформа 8.3.9 минимум.